La construcción del Tren Maya impactará la flora y la fauna de zonas ecológicas sensibles del sureste de México y alterará usos y costumbres de las comunidades indígenas, por lo que el gobierno federal debería proponer medidas de mitigación y sujetar la obra a la legislación en la materia, la cual es bastante sólida y con madurez comparable a la de otros países, según José Juan González Márquez, especialista en derecho ambiental de la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM).