De acuerdo con el análisis de la cuenta pública 2011 de la Auditoría Superior de la Federación (ASF), el Instituto Nacional de Ecología (INE) careció de una agenda sobre la investigación científica y técnica en materia ambiental para atender las prioridades y problemáticas en la materia; no presentó una planeación de mediano plazo para realizar las investigaciones, y tampoco estableció programas anuales de trabajo para cumplir los objetivos y metas establecidos en su Programa Institucional 2008-2012.

La auditoría practicada en lo que fue el primer año de gestión de Francisco Barnés Regueiro al frente del INE, analizó los aspectos de eficacia, para lo cual evaluó la contribución de la investigación científica y técnica generada por el INE en el diseño de la política ambiental; la eficiencia, en la cual se analizó el cumplimiento de las normas de control interno; la economía y la competencia de los actores, este último punto consistió en la verificación de que el personal del instituto estuviera capacitado.

Entre los resultados de la ASF se menciona que en 2011, el INE no estableció metas sobre la formación de redes de investigadores para dar cumplimiento a su programa institucional 2008-2012. Se verificó que de las cuatro redes de investigadores previstas para 2012, el INE reportó la conformación de dos en los temas de calidad del aire y conservación de la biodiversidad, con lo cual registró un avance del 50 por ciento en la meta para 2012. Durante el periodo 2007-2012, el INE integró un directorio con las 45 redes de investigadores, las cuales se vincularon con cuatro (40 por ciento) de los 10 temas que atiende el instituto, conforme a las prioridades sectoriales.

Sobre la competencia del personal, destaca que en 2011 la planta de personal del INE era de 365 servidores públicos, y se constató que la estructura del INE atendió los diez temas en materia ambiental, ya que sus áreas dedicadas a la investigación científica y técnica están organizadas para atenderlas.

En cuanto a la generación de información científica y técnica refiere que se elaboraron 61 investigaciones científicas y técnicas en materia ambiental, de las cuales 15 fueron relevantes y 46 estudios técnicos. Sin embargo, la ASF apunta que en 2011 las áreas del INE responsables de generar información científica y técnica carecieron de protocolos ara elaborar investigaciones relevantes y los estudios técnicos con base en estándares de investigación científica que den sustento a los datos y criterios presentados en los documentos.

La auditoría hizo 15 recomendaciones al INE, entre ellas la elaboración de un programa editorial con objetivos, indicadores y metas anuales, y que evalúe la automatización y optimización de los procesos del inventario nacional de emisiones de gases efecto invernadero, la integridad de la información, y la rapidez de su procesamiento para lograr la eficiencia, seguridad, confiabilidad y oportunidad en el manejo de la información.