En el asalto militar fueron cercadas las instalaciones politécnicas. Se utilizaron 15 carros blindados y seis transportes con 600 militares, se abrió fuego con ametralladoras, catearon todos los edificios del casco y capturaron, entre culatazos y golpes, a cientos de estudiantes que se encontraban dentro de las instalaciones. Los elementos de la policía judicial ingresaron con rifles M-1 y lanzagranadas. También reapareció el Batallón Olimpia, que tan sólo unos días después, el 2 de octubre en Tlatelolco, tendría un papel central en la matanza.

Oficialmente, en la toma del Casco de Santo Tomás hubo sólo cuatro muertos, dos por bando entre estudiantes y policías, y casi 49 heridos, la mayoría uniformados, de acuerdo con el informe de la Fiscalía Especial para Movimientos Sociales y Políticos del Pasado (Femospp). No obstante, se habla de decenas de muertos y desaparecidos esa noche.

¡No salgan, muchachos, no salgan, los van a matar! ¡Por Dios, no salgan!, gritaba desesperada una joven enfermera desde una de las ventanas del último piso del Hospital de la Mujer, ubicado apenas a 100 metros de distancia de la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, donde se desarrollaba el choque principal entre estudiantes y fuerzas de seguridad, según relata Igor de León, médico que tuvo la guardia esa noche en el nosocomio.

En su libro La noche de Santo Tomás ofrece su testimonio y recoge el de sus compañeros, doctores y enfermeras, sobre lo que vivieron y vieron durante esas horas de represión, cuando a sangre y fuego fueron tomadas las instalaciones politécnicas.

“Hoy he visto choques sangrientos, enfrentamientos desiguales: ambos están armados. ¡Pero qué diferencia de armas! Pistolas calibre 22 contra fusiles M-1. ¡Bazukas contra bombas molotov! De un lado están elementos capacitados para el uso de las armas; son técnicos. En cambio, en el otro, apenas si saben usarlas… luego, la cantidad de elementos humanos. ¡Uno contra 10!”, escribió el médico sobre lo ocurrido esa noche en Santo Tomás, uno de los hechos poco divulgados del 68 mexicano.

Esa misma noche, Zacatenco fue tomada sin enfrentamientos pero sí con violencia, en una acción en la que participaron mil soldados trasladados en 13 tanques ligeros y 30 transportes. También fueron usadas 59 patrullas de la policía preventiva y 150 agentes judiciales, quienes rodearon el conjunto de instalaciones educativas.

Casi de manera simultánea, luego de enfrentamientos, elementos militares se apoderaron de la Vocacional 7, de acuerdo con datos de la misma Femospp, que concuerda con los testimonios de ex dirigentes y estudiantes presentes en esos sitios.

La violencia contra la comunidad politécnica fue mucho mayor, señala el documento de la Femospp, el cual también asegura que esa noche se dieron no sólo detenciones, heridos y muertos, sino desapariciones forzadas.

De acuerdo con Hugo Velasco, egresado politécnico y quien vivió gran parte de las primeras horas de aquellos hechos, la comunidad estudiantil se preparaba para resistir ante los elementos policiacos, pero no para enfrentar al Ejército. Ese 23 de septiembre, el rector de la UNAM, Javier Barros Sierra, presentó su renuncia tras la ocupación de Ciudad Universitaria, cinco días antes. Era previsible que el siguiente paso era la toma del IPN.

La defensa de las instalaciones emprendida por los estudiantes se inició poco después de las 17 horas del 23 de septiembre, cuando ya habían colocado infinidad de camiones de transporte público alrededor de las escuelas a modo de barricadas. En las primeras horas el choque fue contra granaderos y policías, pero la resistencia de los jóvenes, muchos de ellos procedentes del interior del país y que vivían en casas de estudiantes, fue férrea y se prolongó por varias horas. En la refriega se vieron obligados a subir a la azotea del edificio de ciencias biológicas para desde ahí continuar la defensa.

Tuvo que llegar el Ejército en las primeras horas del día 24 de septiembre para poder tomar el Casco de Santo Tomás, última trinchera del movimiento estudiantil, que no se había rendido, pero los días de las manifestaciones de protesta estaban ya contados.