El reciente decreto de la Reserva de la Biósfera del Caribe Mexicano (RBCM) dejó fuera las principales amenazas que enfrenta la zona, por lo que el Centro para la Diversidad Biológica y Greenpeace México llamaron a la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (Conanp) a que emita un Programa de Manejo con reglas claras para las actividades en la zona y evitar los riesgos para la biodiversidad de este ambiente marino.

De acuerdo con información proporcionada en el portal de la organización ambientalista, en una revisión al decreto de la RBCM detectaron que lo que se prohíbe hasta ahora es emplear equipos y artes de pesca fijas permanentes o de arrastre sobre el fondo marino; sin embargo, exceptúa la pesquería de camarón en la zona noroeste de Isla Contoy (en Isla Mujeres), realizar exploración y explotación tanto minera como de hidrocarburos y extracción de material pétreo.

Entre las amenazas que detectaron también se encuentran la alta concentración de embarcaciones y turistas en zonas arrecifales someras; la ruptura, fragmentación y destrucción de arrecifes por contacto de buzos inexpertos, y la construcción de infraestructura costera, entre otras.