El entonces coronel José Rodríguez Pérez, comandante del 27 Batallón de Infantería de Iguala, Guerrero, señalado por el subsecretario de Derechos Humanos de la Secretaría de Gobernación, Alejandro Encinas, como responsable del asesinato de seis de los 43 normalistas de Ayotzinapa, ocultó a la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) la información sobre los sucesos del 26 al 27 de septiembre de 2014, según consta en declaraciones del propio mando militar y sus subalternos ante la entonces Procuraduría General de la República (PGR).

El 28 de septiembre de 2014, un agente del Ministerio Público Federal acudió a las instalaciones del batallón para realizar revisiones, junto con peritos de fotografía, criminalistas y dos testigos de asistencia.

Rodríguez Pérez les negó el acceso porque no podría mostrarles las instalaciones por motivos de seguridad nacional, según consta en el tomo 657 de la carpeta de investigación que sobre el caso inició la PGR. El militar volvió a hablar ante el representante social el 3 y 4 de diciembre de 2014.

Por su parte, el capitán José Martínez Crespo, subalterno de Rodríguez Pérez, también declaró a la PGR que informó al coronel verbalmente de lo que pudo averiguar sobre el secuestro y agresión contra los estudiantes la noche del 26 de septiembre, pero que de estos hechos no se realizó un parte oficial a la superioridad en virtud de que no se vio involucrado personal militar.

Aún más, la investigación de la PGR indica que Rodríguez Pérez contaba con toda la información relativa a los nexos de la policía municipal de Iguala con la delincuencia organizada, debido a que participaba en el Grupo de Coordinación Guerrero, integrado por autoridades estatales y federales de seguridad pública.

De acuerdo con la pesquisa, el comandante del 27 Batallón de Infantería supo de las agresiones a los estudiantes el mismo día que sucedieron, pero “no ordenó la presencia inmediata de su personal en el lugar de los hechos a efecto de tratar de disuadir su comisión, sino que decidió mantener a su personal ‘pendiente y alerta de cualquier contingencia’, cuando lo que estaba ocurriendo en esos momentos se trataba precisamente de una contingencia grave, una flagrante violación a los derechos humanos de personas civiles, pues los normalistas de Ayotzinapa estaban siendo atacados por agentes policiales municipales relacionados con la delincuencia organizada, específicamente con el grupo criminal Guerreros Unidos”.

El informe de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa identifica a Rodríguez Pérez como El Coronel en las versiones de comunicaciones entre los teléfonos celulares de integrantes de Guerreros Unidos, detenidos por su participación en estos hechos.

En noviembre de 2015 Rodríguez Pérez fue ascendido a general brigadier de arma en reconocimiento a sus méritos, aptitudes y competencia profesional, según un acuerdo firmado por el entonces presidente Enrique Peña Nieto y su secretario de la Defensa Nacional, Salvador Cienfuegos Zepeda.