Durante el periodo de transición hacia el nuevo gobierno, partidos políticos y militantes han interpuesto al menos cuatro recursos que involucran a Morena y al presidente electo Andrés Manuel López Obrador por presuntos malos manejos de recursos del partido político para asuntos que no son de su competencia. Entre ellas, destacan las quejas promovidas por los partidos Acción Nacional (PAN) y de la Revolución Democrática (PRD), por el dinero utilizado en la celebración de la consulta del nuevo aeropuerto.

También el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF) recibió al menos un recurso relacionado con la realización de la mencionada consulta promovido por Luz María Flores Guarneros, una militante priísta inconforme con el financiamiento para la referida consulta.

Por lo que hace a la queja promovida por el PAN, ésta involucra no solamente el destino de recursos de Morena para financiar la consulta sino también todos los gastos que se han realizado para sostener las actividades de quienes integrarán el nuevo gobierno, toda vez que no es un asunto que pudiera ser parte de la competencia de un partido político.

El partido del sol azteca recurrió ante el INE el destino de las prerrogativas de Morena, toda vez que si este instituto político ha financiado la actividad de las personas que conformarán el nuevo gobierno, existe una irregularidad por desvío de recursos para objetivos no partidistas, lo cual estaría prohibido por la legislación electoral.

Otra de las vertientes de las inconformidades de estos partidos de oposición asociadas a la decisión de cancelar el nuevo aeropuerto en Texcoco se relacionan con el incumplimiento de las disposiciones de seguridad del uso de los datos personales de quienes participaron en esa consulta, celebrada entre el 25 y el 28 de octubre.