Además de las afectaciones socioambientales, económicas y culturales, la construcción del Nuevo Aeropuerto Internacional de México (NAIM) en el lago de Texcoco pone en riesgo o significaría la pérdida del valioso patrimonio arqueológico y paleontológico, pues en la zona se han descubierto 28 sitios arqueológicos, tres de mayor importancia, y hasta 270 puntos con vestigios prehispánicos.

En libro El Nuevo Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México, Política, Negocios y Poder, publicado en 2015 por el ex senador Alejandro Encinas Rodríguez, en la actualidad futuro subsecretario de Derechos Humanos de la Secretaría de Gobernación, señala que de acuerdo con investigaciones de Jeffrey R, Parsons, de la Universidad de Michigan, y el arqueólogo Luis Morett, de la Universidad de Chapingo, donde se construye el NAIM existen huellas fósiles del pleistoceno.

Además de que podrían ubicarse al menos mil 100 lugares con restos arqueológicos, de asentamientos humanos o campamentos temporales, piezas prehispánicas, huellas constructivas de palafitos de carácter ritual y ofrendario, así como evidencias de yacimientos paleontológicos y hallazgos de restos de mamut, un santuario azteca intacto y otros fósiles.

Los estudios de prospección arqueológica dan cuenta de que el lecho del Lago representa una vasta zona arqueológica que integra asentamientos de urbanismo prehispánico por dos milenios.

Aunque en la actualidad pobladores afectados tienen pruebas y fotografías de la destrucción de varios cerros y sitios arqueológicos, como el de Chiconautla, el centro ceremonial de Tezoyuca y el deposito de lodos tóxicos en San Nicolás Tlaminca, por mencionar algunos.

Asegura que de acuerdo con el estudio de prospección arqueológica del emplazamiento donde se construye el NAIM, realizado por el Instituto Nacional de Antropología e Historia y la Universidad Autónoma de Nuevo León, de los asentamientos arqueológicos registrados, sobresalen tres con presencia de ofrendas, consistentes en vasijas completas, otras fragmentadas, esculturas pequeñas en piedra verde, cuentas, artefactos líticos como puntas de flecha, raspadores y navajillas prismáticas de obsidiana, dos ubicados en la plataforma 1 y 3 del polígono donde se propone el desarrollo de la nueva terminal aérea.

Otros sitios destacados, agrega, presentan buena cantidad de lascas, raederas, navajillas en obsidiana gris, artefactos en sílex, presencia de morteros y raspadores en basalto o andesita. Además se encontraron por lo menos tres asentamientos con presencia de ofrendas, dos de los cuales se encuentran dentro del área propuesta para el desarrollo del proyecto.