El segundo Consejo de Guerra condenó al general Juan Manuel Barragán Espinosa a 16 años y seis meses de prisión y al pago de una multa de 19 mil 920 pesos, por delitos contra la salud en grado de tentativa y abuso de autoridad, además de inhabilitarlo para ocupar un cargo público por el tiempo de su sentencia y la baja definitiva del Ejército Mexicano.

Los integrantes del Consejo de Guerra ignoraron la declaración del general Barragán, quien sostuvo que en su caso se trató de una farsa fabricada por elementos de la Policía Judicial Militar para acusarlo de haber aceptado colaborar con el cártel de Sinaloa, con el fin de contactar a emisarios de ese grupo delictivo con el entonces titular de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena), general Guillermo Galván Galván, y para detener la persecución de Joaquín El Chapo Guzmán, quien en 2011 era prófugo de la justicia.

Supuestamente, al general Galván le ofrecerían cien millones de dólares y al general Barragán corresponderían 10 millones de dólares. Sin embargo, en el juicio no se presentó ninguna prueba de que el general Barragán hubiera hecho tal ofrecimiento ni que se hubiera reunido con el titular de la Sedena.

El general brigadier retirado, con 45 años de servicio, dijo a sus juzgadores que todo se trató de una maquinación en la que los policías militares secuestraron, torturaron e indujeron a un civil (Humberto Guerrero Murguía) para denunciarlo, y que después su acusador se retractó y denunció (en el contexto del proceso penal en su contra) que estuvo dos meses retenido por policías militares, quienes lo obligaron a colaborar con ellos.

Entre los integrantes del Consejo de Guerra estaba el general Juan Manuel Vallejo Malibrán, quien fue investigado en 2001 cuando era jefe del Estado Mayor en la sexta Región Militar, luego de que un soldado lo acusó de colaborar con Los Zetas.

El abogado defensor del general Barragán, Jesús González Tejeda, interpuso de inmediato la apelación ante el Supremo Tribunal Militar.