Entre los antecedentes históricos más importantes a la exigencia de estudiantes del Instituto Politécnico Nacional (IPN) de realizar un congreso refundacional destaca el demandado por el movimiento estudiantil de 1986 en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM).

Hace 28 años una de las principales demandas de los estudiantes de la máxima casa de estudios fue la realización del Congreso Universitario, el cual se concretó cuatro años después, en mayo de 1990.

El proceso para su realización fue prolongado. Tras el estallamiento de un paro de labores en noviembre de 1986 por la aprobación de un reglamento que eliminaba el pase automático, establecía el cobro por diversos servicios, entre ellos la aplicación de exámenes extraordinarios, médicos y expedición de certificados, entre otras 26 medidas, comenzó un diálogo con las autoridades universitarias.

En febrero de 1987 se determinó la realización del congreso, y se convocó a una comisión organizadora del Congreso Universitario. Hasta octubre de ese mismo año se prolongon las deliberaciones para la elección de sus 48 integrantes.

Hasta marzo de 1988 la comisión organizadora llamó a seminarios de diagnóstico con carácter obligatorio en todas las instituciones universitarias, los cuales se realizaron del 30 de mayo al 10 de junio de 1988.

Debido al proceso de elección presidencial de ese año y la designación de un nuevo rector en la UNAM, la organización del Congreso Universitario se prolongó. En julio de 1989, ante el estancamiento de los trabajos de la comisión organizadora, las autoridades universitarias propusieron mecanismos para la elección de representantes al congreso, así como la realización de foros locales para recoger propuestas.

Sin embargo, fue hasta diciembre de ese año cuando el Congreso Universitario aprobó la propuesta de la comisión organizadora para un proceso de deliberación previa.

En enero de 1990 se realizaron conferencias temáticas sobre los problemas de la Universidad. Entre febrero y marzo de ese año se convocaron a los foros locales. El 16 de marzo se eligieron delegados al congreso, el cual fue inaugurado en mayo de 1990.