Las acusaciones contra los militares mexicanos no son comunes. La mayoría corresponde a personal en servicio activo que son juzgados en tribunales castrenses, que dan poca o ninguna información sobre su resultado final. Éstos son algunos de los casos clave:

General Jesús Gutiérrez Rebollo: En febrero de 1997, dos meses después de ser nombrado jefe de la agencia antidrogas de México, fue detenido después de que se reveló que estaba viviendo en un apartamento de lujo propiedad del capo Amado Carrillo Fuentes, El señor de los cielos. Un tribunal federal lo condenó a 40 años de prisión por tráfico de drogas, crimen organizado y corrupción. En 2013, cuando tenía 79 años, murió de cáncer en un hospital militar, poco después de que un tribunal dictaminara que podía cumplir el resto de su sentencia en casa.

General brigadier Mario Arturo Acosta Chaparro: Fue encarcelado en 2000 acusado de proteger al narcotraficante Amado Carrillo Fuentes, El señor de los cielos, quien murió tres años después tras una cirugía plástica fallida. En 2002, el general retirado también fue acusado de asesinato y desaparición forzada de activistas de izquierda y revolucionarios durante la llamada guerra sucia de México, ocurrida en las décadas de 1970 y 1980. En 2007 un tribunal federal lo exoneró de todos los cargos. En 2012 murió tras ser baleado por pistoleros en la ciudad de México.

General Tomás Ángeles Dauahare: El ex subsecretario de la Defensa Nacional fue arrestado en 2012 por supuestamente ayudar al cártel de los Beltrán Leyva. Fue liberado en 2013 después de que fiscales federales retiraran las acusaciones tras cuestionamientos sobre los testimonios ofrecidos por testigos en su contra.

Cinco oficiales son vinculados al narco: En 2012, fiscales federales acusaron a tres generales (entre éstos el mencionado Tomás Ángeles Dauahare) y a otros dos jefes militares de ayudar al cártel de los Beltrán Leyva. Fueron liberados después de que los fiscales decidieran que los testimonios de los testigos que los incriminaban eran insuficientes para probar su responsabilidad.

Muerte de Joseph Proctor: En agosto de 2010, un grupo de soldados mexicanos mató a Joseph Proctor, de 32 años, quien era oriundo de Nueva York, en un retén cerca de su casa ubicada al norte de Acapulco. El Ejército dijo que el empresario de la construcción trató de atacar a los soldados con un rifle AR-15. Su familia luchó para que se hiciera una investigación. Semanas después, la Secretaría de Defensa Nacional de México dio a conocer un informe a su madre, Donna Proctor, diciendo que tres soldados habían sido acusados por la muerte de su hijo. A la fecha no hay información actualizada sobre el caso. Donna Proctor dijo el viernes a Ap que lo último que le informaron, en 2012, fue que los dos soldados acusados de disparar a su hijo permanecían encarcelados en espera de un juicio militar.

Asesinato de Alejandro de León y su hijo de 15 años: En septiembre de 2010, Vicente de León y Alejandro, su hijo, murieron cuando soldados dispararon contra su automóvil cuando pasaba por un convoy militar en Nuevo León. Otros cinco pasajeros, incluyendo niños de ocho y nueve años, resultaron heridos. Los fiscales militares acusaron a tres oficiales y a un capitán.