En lo que va de esta administración federal muchos casos considerados emblemáticos, por sus alcances políticos, que ha integrado la Procuraduría General de la República (PGR), y de los cuales ha filtrado datos especialmente a dos medios de comunicación, el Ministerio Público Federal los ha perdido en tribunales, incluyendo, por ejemplo, las acusaciones que se realizaron en mayo de 2009 contra más de 40 funcionarios de Michoacán que, después de un año y medio de litigio, fueron dejados en libertad.

Las filtraciones que han ocurrido desde la PGR se han relacionado particularmente con el trabajo que se realiza en la Subprocuraduría de Investigación Especializada en Delincuencia Organizada (Siedo), en la cual Marisela Morales Ibáñez, actual titular de la PGR, se desempeñó como subprocuradora.

Es el caso del perredista Gregorio Greg Sánchez: antes de que fuera aprehendido aparecieron datos de los indicios que la Siedo supuestamente había obtenido de sus vínculos con presuntos integrantes del crimen organizado. La detención se llevó a cabo el martes 25 de mayo de 2010, un mes y días después de que Morales Ibáñez asumió la titularidad de la PGR.

Esta captura se llevó a cabo en Cancún, Quintana Roo, por acusaciones de tener nexos con integrantes de los cárteles de los Beltrán Leyva y Los Zetas. El 15 de julio de 2011 un tribunal unitario con sede en Quintana Roo determinó que Greg Sánchez debía ser dejado en libertad porque el Ministerio Público Federal no aportó las pruebas suficientes para procesarlo penalmente.

Asimismo, la imagen de Arturo Zamora, candidato del PRI a la gubernatura de Jalisco, fue afectada por una supuesta investigación federal que lo relacionaba con grupos del narcotráfico y una indagatoria por fraude, promovida por el PAN. El caso no fue consignado.

De igual manera, en Guerrero, días antes de la elección a gobernador, Manuel Añorve, candidato del PRI, acudió a las oficinas de la PGR en un acto que, dijo, sería para defender su honorabilidad y rechazar la calumnia sobre presuntos vínculos con el crimen organizado, datos que también fueron filtrados a un diario de circulación nacional.