La prolongación del conflicto en la UNAM ha reforzado las corrientes de opinión que aspiran a introducir reformas radicales en la universidad, mismas que, de concretarse, conducirán a su fractura en dos instituciones. Una comprendería los institutos y centros de investigación, a los cuales se invitaría al personal académico más destacado de las facultades; mientras que la otra institución que surgiría de la actual UNAM agruparía a escuelas y facultades.

La idea de fracturar así a la UNAM es coherente con la opinión de que uno de los lastres del sistema universitario del país es su carácter autónomo, y esta corriente se refuerza por los daños que el conflicto de la UNAM ha ocasionado a las actividades de los institutos y centros de investigación.

Muchos investigadores respetables ven como la mejor solución, para poder continuar con sus trabajos, romper con la actual universidad, y así evitar los conflictos generados por los estudiantes.

Es razonable suponer que esta nueva institución, en la cual se concentrarían las labores de investigación y de posgrado, tendría ciertos rasgos esenciales. En primer término, no tendría carácter autónomo, lo que significaría que el gobierno tendría una influencia decisiva en la formulación de sus políticas de investigación. Por otra parte, de acuerdo con los modernos economistas, un criterio esencial para decidir sobre qué líneas y proyectos de investigación apoyarse es la utilidad de la investigación, que está básicamente definida por criterios de mercado.

Si una investigación es útil, esto significa que sus resultados pueden ser vendidos. Esta idea se iría introduciendo gradualmente en los criteriors de financiamiento de los institutos, bajo el argumento de que ellos deben contribuir a financiar una proporción creciente de sus actividades, y aquellos institutos que no estén en condiciones de hacerlo, serán considerados como "inútiles" y podrán ser cerrados. La actividad de investigación que resultaría más dañada es la básica, dado que no genera productos para ser vendidos. ƑQué puede vender la investigación en astronomía, filosofía o matemática? Esto coincide con la opinión de que la investigación básica es un lujo que sólo se pueden permitirse los países ricos, por lo cual México debe concentrarse en la investigación tecnológica para resolver los problemas de la economía. Este campo de la investigación es fundamental, pero su actividad creativa está asentada en la investigación básica, en cuya ausencia la actividad de investigación se reduciría a la adaptación de tecnologías desarrolladas en otros países.

La otra parte que quedaría de la UNAM estaría constituida por las dependencias que se dedicarían a la enseñanza de nivel licenciatura. Dado que el peso de la formación de este nivel no recae básicamente en la UNAM, el país podría prescindir de esta parte de la actividad de la universidad. Pero, ya que el costo de cerrar estas actividades sería políticamente muy elevado, lo más probable es que persistan con un grado creciente de degradación, que mantendría "ocupados" a muchos jóvenes, contribuyendo a evitar que las tensiones sociales se agudicen, pero sin dar una formación que les permita integrarse adecuadamente al mercado laboral ni mucho menos acceder a estudios de posgrado.

La prolongación del conflicto en la UNAM tenderá a hacer cada vez más probable el escenario que aquí se ha expuesto. En este momento, la tarea esencial de los verdaderos universitarios es la defensa de la universidad, y esto requiere, como primera condición, la reanudación de sus actividades. Todas las fuerzas que insisten en resultar victoriosas de este conflicto están, de manera consciente o inconsciente, contribuyendo al desmantelamiento de esta gran institución nacional.